Это разные способы работы (адреса обращения) СМЭВ 3. Они различаются протоколами обмена информацией. Каждая схема появлялась с крупными обновлениями системы.
Схема 1.1
1.1 устарела, хотя ею и можно пользоваться.
Схема 1.3
1.3 — самая современная.
Чтобы обмениваться данными, на обеих сторонах взаимодействия должны использоваться одинаковые схемы.